داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال، ۲۰ سال پس از وقایع قسمت اول اتفاق می‌افتد. انسان‌ها پس از شکست‌دادن بیگانگان در قسمت اول، از فناوری‌های آن‌ها استفاده کردند تا به پیشرفت‌های تکنولوژیکِ چشمگیری دست پیدا کنند و این مسئله باعث خشم بیگانگان شده است و آن‌ها برای باز پس گرفتن تکنولوژی‌های خود دوباره به زمین حمله می‌کنند و…