فیلم گودزیلا پادشاه هیولا ها ( گودزیلا کینگ آف مانسترز ) تلاش های قهرمانانه ی دانشمندانِ بزرگترین و پیشرو ترین سازمان نهان جاندار شناسی را روایت می کند. اعضای این سازمان متوجه می شوند که به غیر از گودزیلا هیولاهای بسیار عظیم الجثه ی دیگری هم وجود دارد. این هیولاها که هر کدام می خواهند تنها اسطوره ی زنده روی زمین باشند، به فکر برتری بر دیگری هستند و این موضوع باعث می شود تا این موجودات کهن و باستانی وارد رقابت با یکدیگر شوند. به همین دلیل گودزیلا یک بار دیگر بر می خیزد و با رقیب های خود از جمله مارتا، رودان و دشمن نهایی خود که یک هوای سه سر به نام کینگ گیدورا است، روبرو می شود. جنگ این گونه های مافوق طبیعی باعث می شود تعادل زندگی انسان ها به هم بخورد و آینده ی بشریت تهدید شود.